연구 개요
해양 천연물 유래 폴리페놀로 은 나노입자를 친환경적으로 합성하고, 합성 메커니즘과 항암·항균 효능을 함께 규명한 공동 연구에 참여했습니다. 실험은 타 연구실 박사과정생이, 시뮬레이션은 제가 맡았습니다.
문제
실험으로 나노입자 합성과 활성은 확인됐지만, 폴리페놀이 은 이온과 어떻게 상호작용해 형성·안정화에 기여하는지는 실험만으로 설명하기 어려웠습니다.
한 일
- 연구 대상 분자가 기존 force field 데이터베이스에 없어서 CHARMM·AMBER 등 여러 모델을 비교해 입력 모델을 구성했습니다.
- CentOS 기반 서버와 HPC 클러스터에서 에너지 최소화, 안정화, 생산 시뮬레이션을 수행하고 에러 로그를 보며 입력·환경 문제를 고쳤습니다.
- 거리 변화, 상호작용 에너지, 구조 안정화 흐름을 분석해 실험의 pH 의존적 거동을 계산 결과로 보완했습니다.
- 반복 분석을 Python·Bash 스크립트로 자동화해 같은 기준으로 결과를 재현했습니다.
결과
- Kim, N.-G., Lee, H.-W., et al. Nano Today 61 (2025): 102651 - SCIE, 제2저자
회고
매일 연구실에 먼저 나오고, 공식 문서와 해외 커뮤니티를 찾아본 뒤 “확인한 것·시도한 것·남은 문제”를 정리해 질문하는 방식으로 연구에 임했습니다. 신뢰는 말이 아니라 일관된 행동과 결과로 쌓인다는 것을 배웠습니다.